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La città di Comacchio e le sue valli rappresentano il "cuore" del Delta, sono di fatto il polmone verde dell'intera costa adriatica da Chioggia a Cattolica. Le Valli di Comacchio sono il vero museo e rappresentano uno dei più importanti complessi lagunari esistenti in Italia ed in Europa. Si estendono nelle province di Ferrara e in parte di Ravenna, per più di 11.000 ettari, tra Comacchio e il fiume Reno, e sono collegate al mare tramite i canali di Magnavacca, Logonovo, Bellocchio e  Gobbino. Formate da acqua salmastra dalla salinità molto accentuata: rappresentano un importante biotopo di zona umida ad acqua salmastra, costituito da vegetazione estrema alofila e dichiarato di interesse internazionale, in base alla convenzione di Ramsar del 1971.

Intorno alle valli si è incentrata e sviluppata la vicenda storica ed economica del territorio di Comacchio; si tratta di un esempio pressoché unico di integrazione tra l'ambiente naturale e l'attività dell'uomo, dove la   produzione del sale e la pesca  hanno sempre rappresentato le basi economiche primarie, alle quali era prevalentemente legato l’artigianato locale, essendo quasi assente l’agricoltura e mancando completamente il turismo. Queste ultime componenti economiche si sono sviluppate quasi contemporaneamente con l’affermarsi della bonifica ed il prosciugamento di migliaia di ettari di valle, lasciandone inalterata quella parte dove ancora oggi si pratica soprattutto la pesca tipica all'anguilla con particolari strumenti chiamati lavorieri.

La superficie totale è formata dalle valli Fossa di Porto (comprendente l'oasi di Zavelea), Lido di Magnavacca, Fattibello (che nel passato anche non lontano veniva usata per la pesca a titolo di sostentamento quotidiano) e Campo; presenta una morfologia articolata a causa:
delle arginature artificiali create per delimitare i bacini di pesca
della presenza di dossi, barene e antichi cordoni dunosi emergenti dalle acque 

La Penisola di Boscoforte è una lingua di sabbia molto suggestiva, si protende dall'argine del fiume Reno tra le valli Fossa di Porto e Lido di Magnavacca per una lunghezza di 6 km, formatasi dall'affioramento di un cordone dunoso-litoraneo di epoca etrusca.